Przejście do podziemi kościoła prowadzi przez lewą furtkę w bocznych ołtarzach świątyni. W nich znajdują się krypty – miejsca wiecznego spoczynku oo. Kamedułów. Ich ciała układano na drewnianej desce i zamurowywano w niszach katakumbowych. Wejście do obu krypt prowadzi drzwiami pokrytymi dekoracjami o tematyce wanitatywnej, wykonanej przypuszczalnie w XVIII wieku przez miejscowego mnicha, niezbyt biegłego w sztuce malarskiej. Na drzwiach po lewej stronie widnieją dwie pary czaszek z piszczelami, a pod nimi nakrycia głowy symbolizujące władzę kościelną: przewrócona tiara, kapelusz kardynalski i dwie infuły. Na drzwiach po prawej stronie namalowano takież czaszki, a pod nimi symbole władzy świeckiej: trzy korony królewskie i mitrę książęcą.

Katakumby pod kapitularzem wieńczy napis z księgi Hioba 19,21 ujęty w formie banderoli: Miseremini mei, miseremini mei, saltim vos amici mei – Zlitujcie się nade mną, zlitujcie się nade mną, przynajmniej wy, przyjaciele moi. Natomiast w katakumbach pod zakrystią można odczytać fragment napisu: Tu eis Domine donna requiem – et locum indulgentiae… – Ty, Panie, daj im odpoczynek i miejsce przebaczenia… Na zmurowanych otworach grzebalnych wypisywano imię zakonne zmarłego, liczbę lat życia, liczbę lat przeżytych w zakonie i datę śmierci. Gdy miejsce w katakumbach zapełniało się, otwierano najstarsze nisze i kości przenoszono do wspólnego ossarium.