W skarbcu kościoła, który ulokowany jest nad zakrystią, znajdują się eksponaty upamiętniające tradycję tego miejsca. Na ścianach wiszą małe obrazki prezentujące skróconą historię klasztoru. Są to reprodukcje historycznych map i planów lasu bielańskiego oraz założenia klasztornego, reprodukcje obrazów związanych z tym miejscem, a także cenne fotografie z pierwszego półwiecza XX w. W czterech przeszklonych szafach znajdują się paramenty liturgiczne, pochodzące w większości z XIX i początków XX w.: szaty i tkaniny (ornaty, kapy, stuły, manipularze, welony), świeczniki, księgi (mszały i in.). Na szczególną uwagę zasługują ornaty wykonane z XVIII-wiecznych tkanin w trzeciej i czwartej gablocie. W trzeciej gablocie zwracają uwagę dwa żelazne kleszczowe instrumenty zawierające formy do wypieku hostii i komunikantów.

Część eksponatów kamedulskich m.in. najstarsze naczynia (kielichy, pateny, monstrancje, puszki) i szaty liturgiczne z XVII i XVIII w.: cztery ornaty z darów królewskich, wśród nich dar Jana Kazimierza, trafiły w ramach depozytu do Muzeum Archidiecezji Warszawskiej.

Wśród obrazów przechowywanych w skarbcu na uwagę zasługują trzy płótna przedstawiające świętych w strojach kamedulskich. Najbardziej znany, oprawiony w złote ramy XVII-wieczny obraz przedstawia Brunona z Kwerfurtu. Był on uczniem św. Romualda, a od 1004r. sprawował urząd arcybiskupa misyjnego czego wyrazem na obrazie jest mitra i paliusz. W 1009r. został zabity na pograniczu prusko-litewskim przez Jaćwingów dlatego przedstawiany jest z palmą męczeńską. Dwa inne obrazy świętych zakonu kamedulskiego pochodzą z tego samego okresu. Jeden z nich przedstawia świętego w habicie kamedulskim z paliuszem, złotą mitrą i procesyjnym krzyżem, który wyciąga rękę nad wodą z rybami, być może w geście błogosławieństwa. Na tym samym obrazie w obłokach widnieje Matka Boska z Dzieciątkiem adorowana przez czterech świętych w kamedulskich habitach. Trzeci obraz przedstawia świętego w kamedulskim habicie który trzyma w ręku otwartą księgę i pióro. Być może przedstawia bł. Rudolfa, przeora w Camaldoli, który ułożył dla zakonu pierwsze konstytucje eremickie, dając początek kongregacji kamedulskiej.

W skarbcu znajduje się również VIII- wieczny barokowy obraz Apoteoza św. Kazimierza, zawierający inskrypcję z modlitwą przypisaną temu świętemu Omni die dic Mariae. Święty Kazimierz w czerwonym płaszczu i książęcej mitrze klęczy z krucyfiksem na obłokach. Putto po lewej stronie trzyma lilię i snop pszenicy, anioł zaś z prawej – zwój ze wspomnianą wyżej modlitwą.

Do prezentowanych eksponatów należą również: kopia obrazu Madonna Sykstyńska, rosyjska ikona św. Gabriela Archanioła oraz trzy barokowe rzeźby świętych niewiast pochodzące prawdopodobnie z różnych nastaw ołtarzowych.