Zakrystia pochodzi z pierwszej fazy budowy murowanej świątyni. Dzięki zachowanym freskom, obrazom, lawaterzowi, kredencji, dwom szafom gdańskim i ściennym szafkom zachowała ona barokowy charakter. Najważniejszym dziełem sztuki są freski sklepienne Michelangelo Palloniego, datowane przez prof. Karpowicza na lata 1684-1696. Wypełniają one trzy ramy stiukowe. Fresk centralny, ujęty w obramienie w formie wieńców z dębowych liści, przedstawia Salomona składającego ofiarę po zbudowaniu świątyni jerozolimskiej.

Fresk Ofiara Salomona, jak większość polichromii iluzjonistycznych, jest przeznaczony do oglądania z jednego punktu widzenia – dokładnie pośrodku zakrystii. Zachował on swoją pierwotną kolorystykę i należy do najlepszych realizacji Palloniego. Zastosowanie skrótów perspektywicznych (di sotto in su) wywołuje iluzję przestrzeni otwierającej się ku niebu. Kompozycja zaprasza, aby wstąpić po schodkach ku modlącemu się Salomonowi i wraz z ogniem spalonej ofiary wznieść swoją duszę ku Bogu. Fresk, przeznaczony do oglądania przez celebransa i asystę przygotowujących się do złożenia ofiary mszy świętej, stanowi element programu teologicznego rozwiniętego na retabulum w prezbiterium. Jest to zapowiedź ofiary Jezusa Chrystusa ponawianej na ołtarzu, a zarazem figura nowej świątyni, którą jest Kościół katolicki, a którą symbolicznie wyraża budynek kościoła bielańskiego.

Po bokach, w owalnych ramach dekorowanych motywem winorośli Palloni namalował freskowe popiersia – po prawej św. Benedykta (z czaszką) i po lewej św. Romualda (z palcem na ustach w geście milczenia). Poniżej owych fresków umieszczono rzeźbione w drewnie herby zakonu benedyktyńskiego i kamedulskiego.

Oryginalnym elementem wystroju zakrystii jest rokokowy lawaterz z poł XVIIw. Nad umywalką umocowane jest ozdobne weneckie lustro w stiukowej ramie, po jego bokach wazony tryskające w górę strużkami stiukowej wody, a nad nim gołębica Ducha Świętego w wieńcu obłoków i promienistej glorii.