Najstarsza część świątyni. Została zbudowana w latach 1669-1673. W otaczających prezbiterium stallach pięć razy w ciągu dnia i nocy zbierali się mnisi na modlitwę pod przewodnictwem przeora. Znajdował się tutaj ołtarz chórowy. Strefa ta była oddzielona od kościoła przegrodą chórową i niedostępna dla wiernych. Dominantą prezbiterium jest retabulum chórowe (ukończone około 1700 r.), do którego w ramach adaptacji w 1910r. została dostawiona zamiast płytkiej mensy obecna mensa ołtarzowa. W ten sposób, po rozebraniu przegrody z ołtarzem głównym, ów nowy ołtarz przejął na siebie jego rolę. Otrzymał wówczas tabernakulum. W latach siedemdziesiątych XX wieku, w ramach posoborowej adaptacji liturgicznej, mensa ołtarzowa została ‘odcięta’ od ściany i przesunięta w kierunku wiernych, uzyskując charakter wolnostojący.

Retabulum

Pierwotnie we wnęce miała się znajdować rzeźba Chrystusa przywiązanego do słupa, albo – wedle innych źródeł – „rzeźba z kości słoniowej wyobrażająca obnażenie Chrystusa z szat przez oprawców”. Ponieważ to „dzieło znakomite” było „w wielu miejscach uszkodzone”, przeto w ramach adaptacji na początku XX w. zamieniono je na rzeźbę Matki Boskiej Niepokalanego Poczęcia. Rzeźba ta, zniszczona podczas wojny, została zastąpiona stojącą do dziś kopią, wykonaną w 1953r. przez Zofię Trzcińską – Kamińską. Powierzchnię wnęki wypełniają stiukowe obłoki i uskrzydlone główki oraz złociste promienie. Na wysokości głowy figury przebite jest okrągłe okno wypełnione żółtym szkłem. Wpadające przez nie światło tworzy promienistą aureolę wokół głowy Maryi. W ten sposób staje się ona apokaliptyczną Niewiastą „obleczoną w słońce” (Ap 12,1), z wieńcem dwunastu gwiazd wokół głowy, z sierpem księżyca i smokiem pod stopami. Kompozycję flankującą figury królów starotestamentowych, zasiadające na cokołowym gzymsie: z lewej Dawid z berłem, wsparty na harfie, a z prawej Salomon z piórem w ręku. Są oni odziani w antykizowane szaty, na głowach mają korony, a w rękach księgi, otwarte w kierunku patrzącego. Na księdze Dawida widnieje cytat zaczerpnięty z przypisywanej mu Księgi Psalmów (Ps 45,5): „Najwyższy uświęcił swój przybytek”. Salomon trzyma księgę z napisem, wyjętym z przypisywanej mu Księgi Przysłów (Prz 9,1): „Mądrość zbudowała sobie dom”. Ponad królami dwa putta na obłokach trzymają w rękach owalne zwierciadła. W tympanonie widnieje popiersie Boga Ojca w promieniach i obłokach z uskrzydlonymi główkami. Poniżej unosi się gołębica Ducha świętego. W dolnej partii, pomiędzy konsolami, znajduje się owalna stiukowa rama podtrzymywana przez putta, a niżej po jej bokach dwa duże adorujące anioły. W owalnej ramie umieszczony był do ostatniej wojny obraz Chrystusa Pantokratora, malowany w „stylu bizantyjskim”, znany z przedwojennych fotografii. Była to ruska ikona, przypuszczalnie zdobyta przez Władysława IV w bitwie pod Smoleńskiem i ofiarowana do kościoła jako wotum, co bezpośrednio wiązałoby się z intencją bielańskiej fundacji. Zastanawiający jest owalny format owej ikony, stosowany niezwykle rzadko, a przed połową XVII w. prawie nie spotykany. Losy ikony pozostają nieznane.

Retabulum tworzyło – wraz z nieistniejącym ołtarzem głównym i ołtarzami bocznymi – część starannie przemyślanego programu teologicznego. Program ten eksponował ideę Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi. Ideowe centrum stanowił XVI-wieczny obraz Niepokalanej „dobrego wcale pędzla” w dawnym ołtarzu głównym. Temat Immaculatae Conceptionis rozwijało zachowane retabulum chórowe, widoczne w głębi prezbiterium ponad ołtarzem głównym. Było ono pierwotnie skoncentrowane na człowieczeństwie Chrystusa (nieistniejąca figura w niszy), które zaistniało dzięki Niepokalanemu Poczęciu. Oś horyzontalna retabulum wskazuje na zapowiedzianego w księgach Starego Testamentu Króla, pochodzącego z rodu Dawida, który jest „kimś więcej niż Solomon” (Mt 12,42), bowiem jest ucieleśnioną Mądrością. W innej warstwie znaczeniowej mądrzy i sprawiedliwi królowie biblijni, związani z budową świątyni, mogli pełnić rolę patronów fundatorów i dobrodziejów świątyni bielańskiej – królów Polski. Królowie izraelscy są podnóżkiem tronu Chrystusa. Zapisane przez nich słowa ksiąg wskazują na świątynię jerozolimską. Jest ona figurą nowej świątyni, którą jest Kościół – ciało Chrystusa. Do idei świątyni nawiązuje treść fresku Palloniego w zakrystii: oto całopalna ofiara, złożona Bogu przez Salomona w nowozbudowanej świątyni, jest zapowiedzią całopalnej ofiary Jezusa Chrystusa, złożonej Ojcu na ołtarzu krzyża, która stała się początkiem nowej, duchowej świątyni Kościoła. Ujawnia się tutaj wątek eucharystyczny, owa ofiara bowiem jest nieustannie uobecniana w liturgii Mszy świętej sprawowanej na ołtarzu.

Oś wertykalna retabulum podkreśla trynitarny aspekt Wcielenia i Męki Pańskiej, jako dzieło Ojca dokonane przez Chrystusa, z Chrystusem i w Chrystusie w Duchu Świętym, który jest więzią ich obu. Zastąpienie figury Chrystusa rzeźbą Maryi Niepokalanej nie zmieniło w radykalny sposób pierwotnej koncepcji ideowej, a nawet w pewnym sensie ją wzmocniło, uwypuklając zarazem aspekt eucharystyczny. Adorujące w dolnej partii anioły przejęły na siebie rolę cherubów strzegących nowej Arki Przymierza – tabernakulum z Ciałem Chrystusa.